Впервые праздник под названием «Йошкар пеледыш пайрем» был проведён 27 мая 1920 года в Сернуре по инициативе педагога, просветителя и драматурга А.Ф. Конакова. Был приурочен к народным календарным праздникам «Агавайрем» и «Семык».
В 1923 году «Йошкар пеледыш пайрем» был объявлен народным революционным днем трудящихся МАО. Днем праздника был определен 24 мая, совпадавший с марийским календарным праздником «Семык». Летом 1928 года праздник вышел за пределы Марийской автономной области. Он прошёл в марийских деревнях Вотской автономной области (Удмуртская Республика), Елабужского кантона Татарской АССР (Республика Татарстан), Башкирской АССР (Республика Башкортостан).
Но в начале 1930-х годов проведение этого праздника из-за начавшейся волны разоблачений «буржуазных националистов» прекратилось. Пеледыш пайрем возродился только в 1965 году. С 2009 года праздник отмечается в третью субботу июня.
В настоящее время выработана единая форма проведения праздника: его делят на две части – официальную и развлекательную. В Йошкар-Оле Пеледыш пайрем начинается с календарно-обрядового праздника «Агавайрем». На главной площади марийской столицы проходит торжественное открытие, после которого проводятся костюмированное шествие и организуются другие развлекательные мероприятия. В проведении Праздника цветов принимают участие делегации из регионов России компактного проживания народа мари.